通过中介进厂后辞职，其权利受《劳动合同法》等法律保障。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日书面通知用人单位即可解除合同；试用期内提前三日通知。即便通过中介进厂，只要与工厂存在事实或书面劳动关系，上述权利依然享有。

《劳动合同法》第十条规定，建立劳动关系需订立书面合同。若中介仅为介绍方，实际用工单位为工厂，则工厂应依法与劳动者签订劳动合同，劳动者辞职应向工厂提出。

《劳动法》第五十条明确，工资需按时足额支付。辞职后，用人单位不得无故拖欠工资，否则劳动者可依法维权。

综上，无论是否通过中介入职，只要存在劳动关系，劳动者的辞职权就受法律保护，工厂或中介不得无理拒绝或设置障碍。
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通过中介进厂的员工有权辞职，但辞职方式和流程需根据具体情况确定：

1. 若与工厂直接签订劳动合同：应按工厂规定流程辞职，如提交书面申请并办理交接。
2. 若仅与中介签订协议：中介可能协调辞职事宜，但建议保留书面记录，确保工资结算清晰。
3. 若中介与工厂存在合作关系：辞职可能需三方沟通，建议提前确认离职手续，避免权益受损。
4. 若未签订任何合同：应尽量收集工作记录、工资发放凭证等证据，保障合法权益。
5. 若工厂或中介设置不合理离职门槛（如高额违约金或拒发工资）：可向劳动监察部门投诉或申请仲裁。

建议辞职前明确劳动关系归属，依法依规操作，避免权益受损。
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通过中介进厂后辞职，可能受以下特殊情况影响：

1. 中介与工厂的特殊协议：如约定工人需工作满一定期限，否则支付违约金，此类协议可能限制辞职自由，甚至导致工资被扣。
2. 工厂以生产需要为由延长通知期：虽法律规定提前30天通知即可辞职，但部分工厂可能以“生产关键岗位”为由要求延长离职时间，若无合同明确约定，易引发争议。
3. 未签劳动合同或合同不规范：如合同未明确辞职流程或工资结算方式，可能导致中介或工厂随意解释条款，影响辞职权益。

这些特殊情况可能使辞职流程复杂化，建议辞职前充分了解合同内容及中介、工厂的立场，必要时寻求法律支持。
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通过中介进厂后辞职，需注意避免以下常见错误操作：

1. 直接离职不打招呼：部分员工因不满中介或工厂而突然离职，未提交书面申请，可能导致工资被拒发或社保中断。
2. 盲目相信中介口头承诺：中介可能口头承诺“随时离职、工资照发”，但一旦发生纠纷，因缺乏书面证据难以维权。
3. 忽视工资结算细节：辞职时未明确工资发放时间、金额，导致后续被拖欠或克扣，维权困难。

这些错误行为可能导致劳动者离职后面临经济损失、社保中断或劳动仲裁不利等后果。为避免风险，建议辞职前全面了解自身劳动关系情况，依法依规操作。如您在辞职过程中遇到困难或争议，欢迎咨询我们，我们将为您提供专业解答与支持。

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